Pendant vingt ans, PyMOL a été le réflexe par défaut pour visualiser une protéine. Mais le paysage a changé. Tour d’horizon de 17 alternatives et grille de décision opérationnelle.
Comparatif détaillé
17 outils de visualisation moléculaire
Cartes empilées pour comparer en un coup d’œil. Filtrez par famille d’usage, cliquez sur un nom pour accéder au site officiel.
Rendus de publication, scripting Python — le standard historique pour les figures de papier scientifique.
Viewer officiel de la RCSB PDB et d'AlphaFold DB — devenu le standard de facto sur le web.
Successeur moderne de Chimera. Gestion native des gros assemblages cryo-EM et AlphaFold, support VR.
Polyvalent, modélisation par homologie — version historique, désormais en transition vers ChimeraX.
Standard de la dynamique moléculaire — gestion de très gros systèmes et trajectoires NAMD/GROMACS.
Édition de molécules, chimie computationnelle. Idéal pour la chimie organique et les petites molécules.
Intégration web et enseignement. Standard historique pour les pages interactives et les TD universitaires.
Léger, embarquable dans une page produit ou un dashboard scientifique.
Rendus style Goodsell, ray tracing PyMOL côté serveur. Idéal pour illustrations pédagogiques sans installation.
Modélisation par homologie interactive — pour tester des mutations virtuelles ou aligner des séquences.
Référence absolue pour la cristallographie aux rayons X et l'affinement de structures.
Outil historique, très léger. Encore utilisé pour l'enseignement de base et l'initiation à la visualisation 3D.
Rendus haute qualité via shaders GPU/OpenGL. Très esthétique, mais projet daté (non maintenu).
Graphiques photoréalistes, VR, simulations MD intégrées. Modélisation et visualisation tout-en-un.
Suite drug design complète. Cible pharma : docking, ADMET, criblage virtuel, gestion bibliothèques.
Drug design et cheminformatique. Référence pharma industrielle, écosystème de scripts SVL très riche.
Visualisation immersive en VR (Meta Quest et autres). Collaboration multi-utilisateurs en réalité virtuelle.
